L'émergeance de nouveaux virus est liée à l'évolution virale, le changement de niche écologique, la modification de l'environnement, le bioterrorisme...

Evolution virale

 Les virus possèdent des capacités intrinsèques d'évolution.

• la productivité virale . Le VIH produit 10⁹ virus/jour.
• la diversité virale: les mutations à un taux de 10^-4 pour un virus à ARN et 10^-9 pour les virus à ADN.
• les recombinaisons : les recombinants dérivent d'un ancêtre commun.
• les réassortiments génétiques.
• la sélection.

Modification de l'environnement

• Les changements climatiques peuvent agir sur l'influence des vecteurs qui sont les moustiques (ou tiques , rongeurs).Chaque virus a un vecteur particulier.
• Changements de mode de vie: l'urbanisation dans les bidonvilles où il y a de mauvaises conditions d'hygiène (eaux usées dans les pneus où il y a beaucoup de moustiques).
• Les voyages intercontinentaux d'hommes et d'animaux d'élevage.
• La déforestation (Amérique du sud) : les hommes rentrent en contact avec le virus des singes.
• L'accroissement de l'hygiène .Au XIX^ème siècle , les enfants rencontraient le virus de la polio dès la naissance donc ils étaient immunisés. Au XX^ème siècle , les virus de l'environnement sont en quantité moins importante donc les hommes rencontrent le virus plus tard et ne sont plus protégés par les anti-corps maternels.

Changement de niche écologique

infection [3] d'une population native par un virus issu d'une même espèce

• la variole où les survivants ont contracté la rougeole
• la fièvre jaune comme les colons à Philadelphie 1793
• la construction du canal de Panama

Infection par un virus issu d'une autre espèce

Par exemple les rotavirus ; le calcicivirus chez les mammifères marins, donne des diarrhées aiguës chez l'Homme

1999: virus Hendra en Malaisie donne une encéphalite [4] hémorragique ou le West Nile à New-York.

2000: virus Lassa , deux cas importés de la Cote d'Ivoire à Hambourg et de la Sierra Leone à Londres, la Dengue