La coproculture en bactériologie

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La coproculture est la mise en culture des selles pour rechercher et identifier des bactéries pathogènes (donc responsables de diarrhées).

Autrefois le terme de coproculture était destiné à la bactériologie ; aujourd'hui, son champ d'application s'élargit aussi à la virologie et la parasitologie.

La diarrhée

La diarrhée est une émission de selles trop liquides au molles de manière trop fréquente et trop abondante.

La diarrhée peut être liquide voire même aqueuse (ex: lors du cholera), molle, glaireuse (elle contient du mucus, des cellules desquamées, des produits inflammatoires, hémorragique.

On distingue les diarrhées aigues, chroniques, fébriles ou non (toutes les diarrhées infectieuses ne sont pas toujours fébriles.)

Différentes causes et conditions de survenu

Virale

Elle peut être virale, eu particulier chez l'enfant (épidémie de gastro-entérite).

parasitaire

En occident l'origine parasitaire est souvent due au retour d'un voyage (amibiase).

Toxiques

Elle survient après ingestion alimentaire (poisson contenant trop d'histamine).
Lors de désordres métaboliques associés à des erreurs alimentaires.
Les causes mécaniques liées à des erreurs alimentaires (melons).

Bactérienne

Plusieurs espèces bactériennes sont concernées. Chaque espèce peut avoir son propre mécanisme d'action ce qui implique différents traitements.

D'un point de vue épidémiologique, les diarrhées bactériennes surviennent plutôt l'été. Elles sont d'origine hydrique (eau contaminée) ou alimentaire.

Notion importante : le péril fécal

Il s'agit du risque de contaminer l'eau et les aliments par les selles de malades contenant des bactéries d'origine humaine. Ces bactéries st susceptibles alors de contaminer d'autres personnes par l'eau et les aliments.

Manifestations cliniques

Le syndrome dysentérique

C'est une dysenterie d'origine bactérienne le plus souvent (Mais il existe aussi des dysenteries ramibiennes ; les selles sont molles ou liquides ; elles contiennent du sang, du mucus et des cellules : ce sont des selles glaireuses et hémorragiques, Elles sont un peu colorées.

Le syndrome cholérique:

Il s'agit d'une émission de selles pouvant être aqueuses,

Elles sont dites afécales : il n'y a que de l'eau ; les selles sont dites eau de riz. On les observe lors de la production de toxines notamment lors du choléra.

Indications de la coproculture

diagnostic d'une diarrhée

Il faut tenir compte du contexte épidémique, en particulier la saison (été, hiver), les déplacements (résidents/voyageurs) des circonstances de survenue, d'une éventuelle prise d'antibiotiques juste avant.

Recherches particulières

Faire une prescription a la recherche d'une bactérie nommément désignée ; recherche :

de Campylo bacter, de Clostridium difficile (qui est anaérobie stricte). La recherche de Salmonella est systématique.
de portages : chez les patients, les convalescents mais aussi les travailleurs dans l'industrie alimentaire ou la restauration où l'hygiène est primordiale.
dans un contexte d'infection nosocomiale : l'intestin peut être le réservoir de la bactérie mais aussi le point de départ d'une infection.

Les toxi infections alimentaires collectives: TIAC. La coproculture n'est pas la solution appropriée ; il vaut mieux rechercher la bactérie dans les aliments (voire dans le vomi).

Le Clostridium difficile produit une enterotoxine. La bactérie peut proliférer après traitement antibiotique et peut entrainer des colites pseudo-membraneuses (parfois, il faut procéder a une ablation de quelques centimètres d'intestin). La bactérie peut être recherchée par coproculture mais on peut aussi rechercher directement la toxine dans les selles.

Mauvaises indications de la coproculture

Lors d'un déséquilibre de flore après antibiothérapie : en effet, on peut observer la prolifération d'une bactérie résistante à l'antibiotique prescrit (la prescription d'amoxicilline laisse proliférer la Klebsiella pneumoniae ou le bacille pyocyanique. La coproculture met alors en évidence un déséquilibre de flore ; il ne sert à rien de donner un autre antibiotique.

La biologie moléculaire permet aujourd'hui la recherche de bactéries dans l'intestin directement grâce a la connaissance d'un gène, d'amorces, la coproculture ne présente donc pas d'intérêt ici.

Les prélèvements

Il faut récolter une partie des selles fraichement émises Elles sont transportées dans un flacon stérile et clos. Chez I' enfant, on peut réaliser un écouvillonnage rectal. L'acheminement doit être rapide. A défaut, brève conservation a 4°C.

Examen bactériologique des selles

Description de la flore intestinale normale

Il existence d'une flore bactérienne normale, saprophyte, dans l'intestin (Iléon, caecum, colon).

L'équilibre de cette flore saprophyte constituée de bactéries anaérobies et aéra anaérobies.

Les bactéries anaérobies sont les plus nombreuses (10¹⁰ à 10¹¹ par gramme) appartenant à des genres variés:

Bacteroides (B. fragilis) (gram -).
Fusobacterium (gram -).
Bifidobacterium (gram +).
Clostridium (CI. perfringens)(gram + sporulés).

Les bactéries aéro-anaérobies de la flore intestinale normale (10⁷ à 10⁹ par gramme) ont les genres suivants :

Entérobactéries : Coliformes (E. coli, Klebsiella, Enterobacter, Proteus).
Streptocoques, Enterocoques (E. faecalis).
Lactobacillus.

Flore intestinale anormale par la présence d'un germe pathogène

Salmonella.
Shigella.
Escherichia coli pathogène.
Vibrion cholérique.
Yersinia enterocolitica.
Campylo bacter.

Le germe entraine des manifestations cliniques (diarrhées) ou il s'agit d'un simple portage.

Flore intestinale anormale par modification de la flore avec prédominance d'une espèce présente habituellement en faible quantité

Le déséquilibre de la flore est souvent secondaire a un traitement antibiotique.

staphylocoque.
bacille pyocyanique.
Klebsiella.
Proteus.
Candida albicans (Ievure).

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